Nhà xuất bản Y học được thành lập theo Quyết định số 906-BYT/HL ngày 31 tháng 10 năm 1959. Nhà xuất bản Y học là một đơn vị trực thuộc Bộ Y tế. Ngày 30 tháng 6 năm 2010 Bộ y tế ra quyết định chuyển Nhà xuất bản Y học thành Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Nhà xuất bản Y học do Nhà nước làm chủ sở hữu. Hơn nửa thế kỷ trưởng thành và phát triển, đến nay Nhà xuất bản Y học đã xuất bản được nhiều đầu sách cung cấp cho bạn đọc (đội ngũ cán bộ, nhân viên ngành Y tế và nhân dân) những đầu sách có giá trị sử dụng hữu ích, mang lại lợi ích cao nhất cho công tác khám, chữa bệnh, chăm sóc, nâng cao và bảo vệ sức khỏe nhân dân. Nhà xuất bản Y học đã vinh dự được Đảng và Nhà nước tặng thưởng Huân chương Độc Lập hạng Ba, Huân chương Lao động, cùng nhiều Huân, Huy chương cao quý: Bằng khen, Cờ thi đua của nhiều Bộ, Ngành trao tặng.