Trong Tập 1, Sinuhe đau đớn vì bị lừa dối tình yêu, mất đi của cải và gia đình khiến anh phiêu bạt ở nhiều vùng đất xa lạ. Nối tiếp câu chuyện này ở phần hai, cuộc đời của danh y tài hoa này còn khốn khổ hơn khi một lần nữa chứng kiến sự ra đi của tất cả người thân yêu bên cạnh và bị chính người bạn của mình, Pharaon đang tại vị, lưu đày nơi xứ người.

“Tôi đã bị đày khỏi Thebes vào năm trị vì thứ sáu của Pharaon Horemheb, và nếu rời khỏi vùng đất được phép ở và quay trở lại Thebes, tôi sẽ bị đập chết như một con chó, hay sẽ bị bẹp dí như con ngóe giữa các tảng đá. Đó là lệnh của Hoàng đế, Pharaon, người từng là bạn của tôi.”, Sinuhe đau đớn kể lại.

Trước khi dẫn đến kết cục đau khổ này, Sinuhe đã gặp lại Horemheb - người được mệnh danh là con trai diều hâu. Nhờ tài chữa bệnh của mình và sự giúp đỡ của Horemheb, Sinuhe được bổ dụng làm danh y khoan sọ hoàng gia và ngự y tin cậy của Pharaoh Ekhnaton (Amenhotep IV). Trong thời gian đó, Sinuhe là người được Pharaon tin cậy, trao đổi về những trăn trở, những đường hướng cải cách tôn giáo và trật tự xã hội của vị quốc vương này.

Chiến tranh nổ ra, cuộc chiến giữa thần Aton và Amon ngày càng gay gắt. Dưới sự ép buộc của Horemheb, Sinuhe đã hạ độc giết Ekhnaton. Quốc vương băng hà, Horemheb trở thành người cai trị thực sự của Ai Cập và chấm dứt chiến tranh. Trong lúc đó, Sinuhe không còn muốn dùng tài năng của mình chữa bệnh cho mọi người, bởi thấy đôi tay mình là đôi tay tội lỗi, chỉ gieo rắc cái chết.

Anh đến gặp người nghèo và những người quyền quý nói về cái ác và cái thiện, về công lý và bất công. Anh nói với họ về những điều bất công trong xã hội Ai Cập, nói lên những sự tàn bạo của chiến tranh: “Trái tim con người là thước đo duy nhất giữa người với người. Không thể đo con người bằng màu da hoặc ngôn ngữ của họ, cũng không thể đo con người theo quần áo hoặc đồ trang sức, và không thể đo con người theo sự giàu có hay nghèo khó của họ mà chỉ bằng trái tim. Vì vậy, người lương thiện tốt hơn kẻ ác độc, công lý tốt hơn bạo lực.”